Ban đầu dưới thời Cảnh Thịnh, Đặng Văn Chân là chỉ huy tối cao của thủy quân Tây Sơn. Nhưng sau đó thủy quân Tây Sơn mất dần ưu thế so với thủy quân Nam triều. Các chỉ huy thủy quân Tây Sơn trong các chiến dịch quan trọng lần lượt là Tư lệ Lê Trung, Kiểm điểm Trần Viết Kết, Đô ngu Nguyễn Văn Giáp, sau cùng là Đô đốc Nguyễn Văn Ngũ.